Ban đầu, carbol fuchsin nhuộm mọi tế bào. Khi chúng được tẩy màu bằng cồn axit hóa, chỉ những vi khuẩn không kháng axit bị khử màu vì chúng không có lớp lipid dày như vi khuẩn kháng axit. Khi nhuộm thuốc nhuộm bổ sung, vi khuẩn không kháng axit sẽ thấm màu và trở thành màu xanh lam (xanh methylen) hoặc xanh lục (xanh malachite) khi nhìn dưới kính hiển vi. Vi khuẩn kháng axit giữ màu carbol fuchsin nên chúng xuất hiện màu đỏ.